По прибытии в лабораторию Кляйнера, Гордон и Аликс обнаруживают, что при телепортации застряли в петле времени на целую неделю. Они узнают, что взрыв телепорта разрушил Нова Проспект и послужил сигналом к началу Восстания. В результате, Сити 17 стал местом сплошных боёв. Фримен отправляется в гущу сражения, чтобы помочь повстанцам, в то время как Аликс остаётся в лаборатории, чтобы помочь Кляйнеру выбраться из города. Игрок имеет возможность формировать небольшие отряды, чтобы помочь гражданам добраться до местоположения Барни. В конце главы Аликс возвращается, чтобы помочь Гордону, но её захватывают солдаты Альянса и доставляют в Цитадель.