Half-Life 2 начинается с непродолжительного монолога G-Manа, который пробуждает Гордона из стазиса, говоря ему что его час вновь пробил, и помещает его на поезд до Сити 17, города, расположенного где-то в Восточной Европе, где находится центральная база Альянса - Цитадель. События игры разворачиваются примерно через двадцать лет после событий в Чёрной Мезе. Официальные источники разнятся в оценке длины этого промежутка. Фрагмент истории, написанный Марком Лэйдлоу для команды разработчиков, ставит перерыв в десять лет[1], в то время как на сайте Half-Life 2: Episode One установлен перерыв в почти два десятилетия с окончания событий Half-Life[2]. В то время как сайт является более ранним источником, цифра в двадцать лет кажется более точной, так как фотография семьи Вэнсов из Чёрной Мезы в лаборатории Илая показывает Аликс как маленького ребёнка не старше пяти лет. Незадолго после помещения Фримена в стазис произошло событие, известное как Семичасовая война. Итогом этой войны стала полная капитуляция всех стран Земли перед новым покровителем - Альянсом.
Доктор Гордон Фримен, не постаревший ни на день после инцидента в Чёрной Мезе благодаря стазису, оказывается в поезде, чей путь лежит в Сити-17. Достигнув Вокзала Сити-17, Гордон начинает свой путь. Первое, что слышат все горожане по прибытию в город - вещание Уоллеса Брина, который являлся администратором Черной Мезы, через Бринкасты. Уоллес стал администратором Земли после подписания мирного договора с Альянсом. В своих выступлениях Брин рассказывает о перспективах развития человечества, отвечает на вопросы граждан и призывает их к лояльности Альянсу. За порядком в городе следят сотрудники Гражданской Обороны, которые, впрочем, нередко поднимают руки на горожан. Пройдя дальше по терминалу, Гордон попадает к развилке. Часть граждан пропускают в город, другие же отправляются на допрос, в их числе оказывается и сам Фримен. Один из сотрудников ГО провожает Гордона до комнаты допроса, из которой, после захода Фримена, выходит другой ГОшник. После того как дверь закрылась, сотрудник подходит к терминалу, отключает камеры и снимает маску. Сотрудником оказывается Барни Калхун, с которым Фримен был знаком ещё со времён работы в Черной Мезе, где тот работал охранником. Барни выходит на прямую связь с ещё одним старым знакомым Гордона -Айзеком Кляйнером. Тот очень удивлен появлением Фримена. После непродолжительного разговора принимается решение отправить Гордона в лабораторию Кляйнера, по пути он, в теории, должен встретить Аликс Вэнс, дочь Илая Вэнса, ещё одного коллеги Фримена из Черной Мезы, которая должна проводить его до лаборатории. В это время в дверь комнаты раздается стук, Барни провожает Гордона в небольшое складское помещение, из которого Гордон, выбравшись через окно, попадает на площадь. По пути на выход из вокзала путь ученого блокируется сотрудником ГО, который проводит тест на лояльность. Он состоит в том, что гражданин должен поднять банку и выкинуть ее в мусорку, следуя инструкциям ГОшника. Игроку даётся выбор - подчиниться или ослушаться приказа. В любом случае далее Гордон выходит на площадь, где ему открывается вид на величественную Цитадель. Далее Фримен идёт вдоль одной из улиц, где впервые видит БТР Альянса, по лестнице перелезает на другую сторону улицы, проходит вдоль домов и заходит в один из них. Там он становится свидетелем облавы одной из квартир сотрудниками ГО. Пройдя через жилые помещения он поднимается на этаж выше, как вдруг городские системы обнаруживают отклонение численности, из-за чего за силы ГО начинают погоню за Фрименом . Граждане помогают Фримену бежать через крышу дома. Пройдя по крышам нескольких домов, Гордон забирается в открытое окно одного из домов, спускается по ломающейся под ногами лестнице в небольшой коридор, где его застаёт врасплох отряд ГО. После нескольких ударов дубинкой, Гордон теряет сознание. Тем временем вовремя подоспевшая Аликс Вэнс успешно разбирается с полицейскими и приводит Фримена в чувства, они вместе заходят в лифт. Девушка подмечает, что доктор Кляйнер не учел что у Фримена "нет карты" чтобы добраться до лаборатории, а также представляется. Помимо этого она шутливо указывает на отсутствие речи главного героя, говоря что он "не разговорчивый". Выйдя из лифта, Аликс обращает внимание Гордона на плакат с доктором Брином, говоря о его посту администратора в Черной Мезе и о том что "не следует упоминать его имени при отце". Мисс Вэнс вводит код на панели у стены, благодаря чему открывается тайный проход к лаборатории Айзека Кляйнера.
