Золотниковская пустынь основана в первой четверти ХVII столетия иноком Ионою Головциным, посвященным в 1624 г. в сан игумена. При нем в пустыне была поставлена деревянная Успенская церковь. Тогда обитель называлась "Новая пустынь, березовского борку, Успения Пресвятые Богородицы".
В 1632 г. царем Михаилом Федоровичем пустыни пожалована земля, в благодарность за что в деревянной церкви был освящен придел в честь патрона царевича - Иоанна Белогородского. При игумене Никоне на месте деревянной церкви выстроена Успенская же каменная, освященная в 1651 г.
Вслед за ней сооружены две других каменных церкви комплекса: надвратная, Всех святых (1656 г.) и трапезная с теплой церковью Казанской Богоматери (1657 г.).
Во второй половине ХVII - начале ХVIII вв. пустынь пользовалась известностью.