О мультфильме: Коварный Бармалей, которым обычно пугают маленьких детишек, оказался в тюрьме, где его охраняет Гиппопотам. Но друзья-пираты не бросили своего главаря и помогли ему сбежать. Гиппопотам бросился в погоню за разбойником и сумел проникнуть на корабль пиратов, чтобы узнать их планы.
В то же время ворчливая сестра Айболита – Варвара – решила уйти из дома брата, заявив, что ее достали звери, постоянно живущие в доме. Случайно она попадает на пиратский корабль и отправляется вместе с разбойниками в Африку.
Прибыв в Африку, пираты устраивают для зверей спектакль Муха-Цокотуха (а главную партию исполняет сестра Доктора Айболита). После представления все звери получают отравленное угощение, после чего поголовно заболевают. Гиппопотам, наблюдавший за происходящим, успевает вовремя дозвониться в Ленинград Айболиту.
Доктор Айболит, быстро собравшись и взяв с собой друзей (собаку, попугая Карудо и сову), отправляется в Африку. Бармалей, не на шутку испугавшись, заставляет крокодила проглотить Солнце. Но Айболит зажигает факел и успешно добирается до берегов Африки. Он быстро помогает всем зверям. Выздоровевший медведь вступает с крокодилом в схватку и легко побеждает его: Солнце снова сияет на небесах.
Тогда пираты выпускают гиганта-Таракана, которого боятся все звери. Но вовремя прилетевший воробей склевывает злобное насекомое. Бармалею приходится сдаться. Но Айболит не злопамятный и решает простить разбойника. Он забирает Бармалея с собой, а пираты и Варвара, перевоспитавшись, отправляются вслед за ними.