Протвино был основан в 1960 году (официальный день рождения - 19 апреля). Изначально нынешний наукоград назывался Серпухов-7 и являлся секретным объектом. 22 января 1965 года получил статус поселка городского типа в составе Серпуховского района и нынешнее имя - Протвино. 5 ноября 1989 года преобразован в город областного подчинения. С 18 августа 2008 года имеет статус наукограда России.