События фильма «Цветы войны» разворачиваются в 1937 году в разгар Японо-китайского противостояния. В центре сюжета оказывается американец Джон, который работает гробовщиком в городе Нанкин. По долгу роботы, парень приезжает в Католическую церковь, чтобы подготовить покойного пастыря к погребению. Здесь он обнаруживает печальную картину, в стенах храма прячутся одни беззащитные женщины, которым в случаи неминуемого вторжения грозит ужасная участь. Мужчина решает притвориться священником, чтобы попытаться спасти их от японских солдат.
Фильм основан на реальных событиях. Действия разворачиваются в период японо-китайской войны. Главный герой, американский гробовщик Джон, направляется в Католическую церковь в Нанкине, чтобы подготовить священника к похоронам. По прибытии он оказывается единственным мужчиной среди учениц монастыря и проституток из соседнего борделя в эпицентре военных действий. Оказавшись в таком положении, он выдаёт себя за священника и пытается спасти обе группы от ужасов вторжения японской армии.