Это самый большой в России орган и один из самых крупных в Европе. Торжественное открытие органного комплекса в Кафедральном соборе состоялось 10 января 2008 года. Органный комплекс состоит из Малого (хорового) органа, который установили в 2006 году, и Большого органа, воссозданного в декабре 2007 года по чертежам довоенного времени мастерами немецкой фирмы «Александр Шуке». Специалисты фирмы "Александр Шуке" провели основные работы по монтажу органного комплекса. На строительство уникального большого органа затрачено более 100 млн рублей из федерального бюджета. Они были выделены после посещения президентом России Кафедрального собора в 2005 году, в дни празднования 750-летия основания Калининграда. Декоративная часть большого органа оформлена художественной резьбой и движущимися фигурами, выполненными калининградскими краснодеревщиками. У Большого органа 4 мануала, 90 регистров и 8500 труб. Органный комплекс оборудован компьютерными системами регистровых комбинаций. Оба органа собора соединены оптико-волоконной связью.