ბოლნისის სიონი ისევე, როგორც საერთოდ ადრინდელი ფეოდალური ხანის ქართული არქიტექტურა, გამოირჩევა ინტერიერის მკაცრი მონუმენტურობით - მთავარი ყურადღება შიგა სივრცის მხატვრულ გადაწყვეტას ექცევა, ფასადთა მნიშვნელობა ჯერ კიდევ მეორეხარისხოვანია.

საქართველოსათვის ტრადიციული ცენტრული კომპოზიციების გავლენას მოწმობს დასავლეთით შესასვლელის უქონლობა (ახლანდელი XVII საუკუნეშია გაჭრილი), რაც ეწინააღმდეგება ბაზილიკის „სიგრძივ“ ხასიათს. ბაზისებისა და სვეტისთავების საინტერესო სკულპტურული მორთულობა თავმოყრილია ჩრდილოეთი გალერეასა და ტაძრის ინტერიერში. მცენარეულ და გეომეტრიული სახეებთან ერთად, რომლებიც სასანური ხელოვნების წრესთან ნათესაობას ამჟღავნებს, გვხვდება ქრისტიანული სიმბოლოს - ჯვრის სხვადასხვაგვარი გამოსახულებანი. მ.შ. ერთ-ერთი (ბოლოებგაფართოებული ჯვარი წრიულ ჩარჩოში) „ბოლნური ჯვრის“ სახელითაა ცნობილი.
ბოლნისის სიონში, პირველად ქართულ არქიტექტურაში, გვხვდება აგრეთვე რელიეფური სკულპტურული გამოსახილებანი (ხარის თავი, სხვადასხვა ფრინველი და ცხოველი), რომლებიც წინაქრისტიანულ ხანასთანაა დაკავშირებული, მაგრამ შეთვისებულია ქრისტიანული სარწმუნოების მიერ.
ბოლნისის სიონი ნათლად წარმოგვიდგენს როგორც ქართული ბაზილიკის ნათესაობას ქრისტიანულ სამყაროს სხვა ქვეყნის ბაზილიკასთან, ისე მის მკაფიოდ გამოსახულ თავისებურებებსაც. ეკლესიის გვერდით, სამხრეთ-დასავლეთით, დგას XVII საუკუნის სამრეკლო. ბოლნისის სიონი საფუძვლიანადაა რესტავრირებული და შეკეთებული. XVII საუკუნეში აღადგინეს გადახურვის კამარები საბჯენი თაღებით, გაჭრეს დასავლეთ შესასვლელი. 1936-1939 ჩატარებულ სამუშაოთა შედეგად ძეგლი გათხარეს, შეაკეთეს, გადახურეს და გაამაგრეს. 1967-1969 გადახურეს ჩრდილოეთ გალერეს და არადგინეს მისი დასავლეთი კედელი, უძველესი წარწერის პირი ჩადგეს თავის ადგილას, დააგეს ქვის ახალი იატაკი. ბოლნისის სიონში გაჩაღებული იყო მწიგნობრული საქმიანობა. ცნობილია ბოლნელ ეპისკოპოსთა ინიციატივით დამხადებული ხელნაწერები. X-XI საუკუნეებში იქ მოღვაწეობდა იოანე ბოლნელი.