Основой фамилии Калинушкин послужило церковное имя Калинник. Фамилия Калинушкин образована от крестильного мужского имени Каллиник (от греческих kallos – «красота», nike – «победа», т.е. «добрый победитель»), а точнее от его уменьшительно-ласкательной формы - Калинушка.

Скорее всего, основатель рода Калинушкиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Такое предположение объясняется тем, что фамилии, образованные от полной формы имени, имела в основном социальная верхушка, знать, или семьи, пользовавшиеся в данной местности большим авторитетом, представителей которых соседи уважительно звали полным именем, в отличие от других сословий, звавшихся, как правило, уменьшительными, производными, обиходными именами.

Согласно другой версии, фамилия Калинушкин ведет свое начало от мирского имени Калинушка, которое восходит к нарицательному Калина. До введения на Руси христианства наречение ребёнка именем, представляющим собой название животного или растения, было очень распространённой традицией. Это соответствовало языческим представлениям человека о мире. Древнерусский человек, живший по законам природы, сам представлял себя частью природы. Давая младенцу такое имя, как Калинушка, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделён избранный представитель растительного мира.

В народных представлениях славян калина является символом девства, красоты и любви. Об этом говорят обычные песенные выражения: «красная Калина — прекрасная девица»; «Калина не вызрела — девушка молода, еще рано выдавать ее замуж». Кроме того, калина первоначально выступала символом только девственной любви. Калина и ветки ее играют важную роль в свадебном обряде, как символы девственности, приносимой в жертву невестой. Калиновые мосты — обычное, постоянное общее место в свадебных песнях (мост — соединение, связь). С течением времени первоначальный символический смысл калины затемнился, и она стала ассоциироваться с женщиной вообще и с любовью.